Fractale nous embarque dans un univers fantastique sur une île lointaine, où le système nommé Fractale est sur le point de s'effondrer. Un jour, le jeune Clain découvre une fille blessée du nom de Phryne. Lorsqu'elle disparaît laissant derrière elle un pendentif, Clain décide de partir à sa recherche. Au cours de son voyage, il découvrira les secrets du système Fractale...